Είναι γνωστό πως ο Παναθηναϊκός διαθέτει αρκετά τμήματα σε διαφορά αθλήματα. Όμως λίγοι θα θυμούνται πως το Τριφύλλι είχε ομάδα χάντμπολ για δυο χρονιές χρονικές περιόδους. Το τμήμα ιδρύθηκε το 1929 και αγωνιζόντουσαν κατά κύριο λόγο παίκτες της ποδοσφαιρικής ομάδας των «πράσινων».
Ο Παναθηναϊκός συμμετείχε στην πρώτη διοργάνωση που έγινε στην Αθήνα το 1930, όντας από τις πρώτες ομάδες που δημιούργησαν αυτό τμήμα, σε ένα άθλημα που δεν είναι αρκετά γνωστό. Λάμβανε μέρος μέχρι και τη σεζόν 1934- 35, όταν και ανέστειλε την λειτουργείς του.
Όμως το 1980 επαναλειτούργησε εκ νέου το τμήμα χάντμπολ. Με πρωτοβουλία του Ζήση Κουρελού (ο οποίος πρωταθλητής στο στίβο), το Τριφύλλι συμμετείχε τη σεζόν 1980-81 στον πρώτο όμιλο της προκριματικής φάσης του Πανελλήνιου πρωταθλήματος, αλλά δεν είχε τα ανάλογα αποτελέσματα.
Μπορεί ο Παναθηναϊκός να είχε ανδρικό και γυναικείο τμήμα χάντμπολ και το 1990, ωστόσο λόγω οικονομικών προβλημάτων, το Τριφύλλι διέκοψε τις δραστηριότητες του.
