Στις 10 Σεπτεμβρίου του 2009, ο Γιούρκας Σεϊταρίδης επέστρεψε στον Παναθηναϊκό, με ελεύθερη μεταγραφή από την Ατλέτικο Μαδρίτης.
Ο Γιούρκας είχε ήδη αγωνιστεί για 3,5 χρόνια με το “τριφύλλλι”, από τον Ιανουάριο του 2001 έως τον Ιούλιο του 2004, όταν και αποχώρησε για την Πόρτο, σε μία μεταγραφή που κόστισε στους Πορτογάλους 3 εκατομμύρια ευρώ.
Έναν χρόνο αργότερα (Ιούλιος 2005), μετακόμισε στην Ρωσία και την Ντιναμό Μόσχας έναντι 10 εκατομμυρίων ευρώ και έμεινε μόλις για μία σεζόν.
Τον επόμενο Ιούλιο, πήρε άλλη μία μεταγραφή, αυτή την φορά για την Ατλέτικο Μαδρίτης, στην οποία έμεινε για τρία χρόνια και πραγματοποίησε 60 εμφανίσεις στην La Liga, πριν την επιστροφή του στους “πράσινους”.
Το 2010 κατέκτησε το δεύτερό του νταμπλ με το “τριφύλλι” στο στήθος, μετά από αυτό που είχε κατακτήσει πριν φύγει για το εξωτερικό, το 2004.
Η δεύτερη θητεία του στον Παναθηναϊκό κράτησε 4 χρόνια. Τον Ιούλιο του 2013 αποφάσισε να αποσυρθεί από το ποδόσφαιρο, σε ηλικία 32 ετών.
